Huit sites ont été identifiés pour la mise en place du suivi des populations de libellules annexe II :

- pour le Coenagrion mercuriale : le Petit-Rhône de la Voulte/Livron ; les contre canaux de l'embouchure de la Drôme ; les freydières des Ramières de la Drôme ; l'amont du Rhône court-circuité de Donzère ; la Tessonne (Saulce) ; le cours aval de la Payre (Baix) ; la lône de St Ferréo à Donzère

En outre, 4 sites supplémentaires situés en dehors des périmètres des pSIC ont fait l'objet d'un recensement en 1998, à l'initiative de l'opérateur Life (hors crédits Natura 2000) : le ruisseau de Malessard et le cours aval du Dolon (Platière) ; le contre-canal de Saulce ; le contre-canal de Planaris (Donzère).

- pour Oxygastra curtisii et Gomphus graslinii : le Rhône court-circuité de Donzère ; la Tessonne (Saulce) ; le cours aval de la Payre (Baix). Etant donné la biologie particulière de ces espèces, le protocole initial consiste en une recherche des exuvies lors de la période d'émergence.

Le programme de recensement prévu fait figure d'état de référence pour la mise en place d'un suivi à long terme des populations des espèces de l'annexe II de la directive Habitats. En outre, ce programme de recensement permettra d'améliorer significativement l'état des connaissances sur la biologie de ces espèces dans la moyenne vallée du Rhône, et de mieux caractériser leur habitat et leurs exigences. Ceci devra permettre de mieux expliquer la répartition actuelle des espèces (présence ou absence dans les pSIC), et de définir un programme d'actions pour favoriser la restauration de leur habitat dans les sites.

La campagne 1999 a permis de confirmer ou de découvrir la présence de l'espèce C. mercuriale sur les sites sélectionner (sauf l'amont du Rhône court-circuité de Donzère) et d'évaluer l'effectif des population présentes. L'espèce est présente sur la totalité des linéaires parcourus, même si les populations sont peu importantes (cf. tableau ci-dessous). Les sites recensés en 1998, qui sont à proximité et en relation (chenaux connectés) avec ceux de 1999, recelaient par contre des populations plus importantes (jusqu'à plusieurs centaines d'individus). Il faut signaler qu'étant donné la situation de l'espèce dans la région Rhône-Alpes, et dans la moyenne vallée du Rhône, des populations de C. mercuriale supérieures à 100 individus correspondent déjà à des populations remarquables (Deliry C.-1998).

- chaque site (annexe hydraulique, ou cours du Rhône) abritant une population de l'espèce Coenagrion mercuriale est parcouru sur une longueur définie, et tous les individus de l'espèce sont comptabilisés, de même de ceux des autres espèces de libellules présentes. Ainsi, des information importantes sont recueillies sur la structure globale du peuplement d'odonates du site, sur l'effectif des populations de chaque espèce et sur les espèces "compagnes" du C. Mercuriale.

- des relevés de présence et d'abondance des végétaux aquatiques (hydrophytes et hélophytes) sont réalisés sur les mêmes sites par un deuxième observateur. Les informations sont recueillies par échantillonnage sur des placettes de quelques dizaines de m², réparties le long de l'annexe hydraulique à intervalle d'environ 200 mètres. Ces relevés permettent d'avoir une représentation de la structure des peuplements de végétaux aquatiques et de la répartition des espèces.

- des informations sur les paramètres de milieu (vitesse du courant, profondeur, type de substrat, etc.) sont relevés en même temps que les végétaux aquatiques et complètent les informations "espèces" par des informations "milieu".

- toutes les informations sur la localisation des sites et des placettes de relevé, et les informations qualitatives et quantitatives récoltées sont intégrées dans une base de données informatisée et sous forme cartographique.

Une protocole de suivi, mis en œuvre à long terme et basé sur la reconduction de la méthode employée pour l'état initial, doit permettre de traduire d'éventuelles modifications dans le fonctionnement de l'hydrosystème (hydrologie, apports phréatiques, qualité des eaux de surface, rajeunissement des milieux…), et d'attirer l'attention sur une éventuelle dérive, une altération de l'hydrosystème. En outre, cette méthode permet d'assurer la "surveillance" de l'état de conservation des populations d'espèces de libellules et de leur habitat (traduit par les relevés de végétation).